Առևտրային հարաբերությունները և ապրանքների տեղաշարժը բարելավելու նպատակով Հայաստանը և Եվրոպական միությունը համագործակցում են մաքսային ոլորտին և սահմանների կառավարմանը վերաբերող հարցերի շուրջ։

ԵՄ խորհրդատվական խումբը (ԵՄԽԽ) աջակցում է մաքսային օրենսդրության ներդաշնակեցման ու պարզեցման և մաքսային ու այլ՝ մասնավորապես սահմաններում գործող գործակալությունների միջև համագործակցության ամրապնդմանը։ Բացի դրանից, ներմուծված ապրանքների մաքսային արժեքը որոշելու համակարգի արդիականացումը Հայաստանի և Եվրոպական միության միջև Խորը և համապարփակ ազատ առևտրի համաձայնագիր կնքելու համար կենսական նախապայման է։

ԵՄԽԽ–ն արդեն ներգարվվել է 2009թ–ին մեկնարկած մաքսային հսկողություն իրականացնողների համար 18-ամսյա վերապատրաստման համապարփակ ծրագրում։ Շարժվելով առաջ՝ ԵՄ խորհրդատվական խումբը Մաքսային պետական կոմիտեի հետ համագործակցում է հետևյալ հարցերի շրջանակներում.

• Մաքսազերծման գործընթացի բարելավում՝ փաստաթղթավարությունը կրճատելու (դյուրացնելու), ընթացակարգերը ռացիոնալիզացնելու և դրանցով էլեկտրոնային հայտարարագրեր ներկայացնելու հնարավորություն նախատեսելու վերաբերյալ խորհրդատվություն տրամադրելով
• Ռիսկերի կառավարման համակարգի և դրան առնչվող վարչական կառուցվածքների հետագա մշակում
• Մաքսային գործառնությունների հարցում առևտրի ոլորտում ներգրավված անձանց աջակցության տրամադրում և կրթական գործընթացների ապահովում
• Մաքսային ոլորտում վերապատրաստման գործառույթի ապահովում
• Թուրքիայի, Վրաստանի և Իրանի սահմաններում մաքսային գործառնությունների զարգացում՝ որպես սահմանների համալիր կառավարման ծրագրի մաս